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這幾個數(shù)據庫輕松搞定2020年的科研煩惱~

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Genbank庫包含了所有已知的核酸序列和蛋白質序列，以及與它們相關的文獻著作和生物學注釋。它是由美國國立生物技術信息中心(NCBI)建立和維護的。它的數(shù)據直接來源于測序工作者提交的序列；由測序中心提交的大量EST序列和其它測序數(shù)據；以及與其它數(shù)據機構協(xié)作交換數(shù)據而來。Genbank每天都會與歐洲分子生物學實驗室(EMBL)的數(shù)據庫，和日本的DNA數(shù)據庫(DDBJ)交換數(shù)據，使這三個數(shù)據庫的數(shù)據同步。Genbank的數(shù)據可以從NCBI的FTP服務器上免費下載完整的庫，或下載積累的新數(shù)據。NCBI還提供廣泛的數(shù)據查詢、序列相似性搜索以及其它分析服務，用戶可以從NCBI的主頁上找到這些服務。

Genbank庫里的數(shù)據按來源于約55,000個物種，其中56%是人類的基因組序列(所有序列中的34%是人類的EST序列)。每條Genbank數(shù)據記錄包含了對序列的簡要描述，它的科學命名，物種分類名稱，參考文獻，序列特征表，以及序列本身。序列特征表里包含對序列生物學特征注釋如：編碼區(qū)、轉錄單元、重復區(qū)域、突變位點或修飾位點等。所有數(shù)據記錄被劃分在若干個文件里，如細菌類、病毒類、靈長類、嚙齒類，以及EST數(shù)據、基因組測序數(shù)據、大規(guī)?；蚪M序列數(shù)據等16類，其中EST數(shù)據等又被各自分成若干個文件。

NCBI的數(shù)據庫檢索查詢系統(tǒng)是Entrez。Entrez是基于Web界面的綜合生物信息數(shù)據庫檢索系統(tǒng)。利用Entrez系統(tǒng)，用戶不僅可以方便地檢索Genbank的核酸數(shù)據，還可以檢索來自Genbank和其它數(shù)據庫的蛋白質序列數(shù)據、基因組圖譜數(shù)據、來自分子模型數(shù)據庫(MMDB)的蛋白質三維結構數(shù)據、種群序列數(shù)據集、以及由PubMed獲得Medline的文獻數(shù)據。
Entrez提供了方便實用的檢索服務，所有操作都可以在網絡瀏覽器上完成。用戶可以利用Entrez界面上提供的限制條件(Limits)、索引(Index)、檢索歷史(History)和剪貼板(Clipboard)等功能來實現(xiàn)復雜的檢索查詢工作。對于檢索獲得的記錄，用戶可以選擇需要顯示的數(shù)據，保存查詢結果，甚至以圖形方式觀看檢索獲得的序列。更詳細的Entrez使用說明可以在該主頁上獲得。
(2)向Genbank提交序列數(shù)據
NCBI的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Entrez的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/
BankIt的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt
Sequin的相關網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/
02.EMBL核酸序列數(shù)據庫
 
SRS的網址是：http://srs.ebi.ac.uk/
 
日本DNA數(shù)據倉庫(DDBJ)也是一個全面的核酸序列數(shù)據庫，與Genbank和EMBL核酸庫合作交換數(shù)據。可以使用其主頁上提供的SRS工具進行數(shù)據檢索和序列分析。可以用Sequin軟件向該數(shù)據庫提交序列。

DDBJ的網址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/
04.GDB數(shù)據庫
 

 

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目前GDB中有：人類基因組區(qū)域(包括基因、克隆、amplimers PCR 標記、斷點breakpoints、細胞遺傳標記cytogenetic markers、易碎位點fragile sites、EST序列、綜合區(qū)域syndromic regions、contigs和重復序列)；人類基因組圖譜(包括細胞遺傳圖譜、連接圖譜、放射性雜交圖譜、content contig圖譜和綜合圖譜等)；人類基因組內的變異(包括突變和多態(tài)性，加上等位基因頻率數(shù)據)。GDB數(shù)據庫以對象模型來保存數(shù)據，提供基于Web的數(shù)據對象檢索服務，用戶可以搜索各種類型的對象，并以圖形方式觀看基因組圖譜。

GDB的網址是：http://www.gdb.org
GDB的國內鏡像是：http://gdb.pku.edu.cn/gdb/

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